Tino, de nueve años, y Hari, de 12, dieron positivo a mediados de julio tras presentar síntomas similares a los de la gripe, dificultades respiratorias y pérdida del apetito.
Los dos machos recibieron tratamiento y se están curando, agregaron.
Ambos «gozan ahora de buena salud», declaró Suzi Marsitawati, del servicio forestal y de parques de Yakarta, en un comunicado citado por la agencia AFP.
«Vuelven a tener apetito y a estar activos», comentó.
El zoológico de Ragunan está cerrado desde junio debido al aumento de casos de Covid-19 en ese país.
«Hemos rastreado a todas las enfermeras y guardias del zoológico (que estuvieron en contacto con los tigres) y en el momento en el que estaban enfermos y nadie tenía Covid-19», declaró Suzi Marsitawati. «Así que seguimos intentando encontrar el origen».
Indonesia se enfrenta a la ola de coronavirus más mortal desde el comienzo de la pandemia, debido a la variante delta, altamente contagiosa.
El país ha registrado más de 3,4 millones de casos y 94.119 muertes por el Covid-19.
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